1940年H.A.克（kè）雷伯斯提出三羧循環（huán）學說以來，檸檬酸的發酵機理逐漸（jiàn）被人們所認識。已經證（zhèng）明，糖質原料生成（chéng）檸檬酸的（de）生化過程中，由糖變成丙酮酸的過程與酒精發酵相同，亦即通過E-M途徑（二磷酸己糖途（tú）徑（jìng））進行（háng）酵解。然後（hòu）丙酮（tóng）酸進一步氧化脫羧（suō）生成乙酰輔酶A，乙酰輔酶A和丙酮酸羧化所生成（chéng）的草酰乙酸縮合（hé）成為檸檬酸並進入三羧循環途徑。

檸檬酸是代謝過程中的中間（jiān）產（chǎn）物。在發酵過程中，當微生物（wù）體內的烏頭酸水合酶和異檸檬酸脫氫酶活性很低、而檸檬酸合（hé）成酶（méi）活性很高時，才有利於檸檬酸的大量積累。  

發酵工藝（yì）分表麵發酵和固體發酵（jiào），按不同工藝製備不同原料的培養基，然後進行蒸料（liào）。蒸料的目的是將澱粉糊化，並進行滅菌（jun1）。蒸料時（shí）要使物料受熱均勻，蒸汽通（tōng）暢，邊蒸邊加料，把料加在冒汽的地方，逐層加入。蒸好的物料（liào）要揚散攤涼，當溫度降至37℃以下，即可補水（shuǐ）接種，裝盤發（fā）酵，發酵終點以（yǐ）酸度來決定，定期（qī）測定（dìng）酸度，保證在酸度最高時（shí）出料，以免檸檬酸被細菌分解。

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